Le documentaire se concentre sur la captivité de l'orque Tilikum, responsable de la mort de trois personnes, et des conséquences de la captivité sur ces cétacés.
Blackfish suit la vie de Tilikum, de sa capture en 1983 au large de l'Islande, à l'animosité des autres baleines retenues en captivité à son égard et, enfin, à son isolement dans un bassin ; éléments qui selon Cowperthwaite, ont contribué à l'agressivité de l'orque.(wikipédia)